COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.555624
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.598632
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.616196
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.661851
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.769629
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 3.840581
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 3.897454

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.127660 0.512821 2.445889
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.578455
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.888446 2.702903
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 2.843098
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 2.973228
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.188171
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.279163

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 1.162791 0.304414 7.809398
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.231707 8.077901
2021-06-12 17:00:00 3.768116 8.985507 8.299286
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 8.779718
2021-06-10 17:00:00 9.326425 9.326425 8.629809
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 8.794162
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 8.769818

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.163462 2.163462 4.153442
2021-06-13 17:00:00 4.989605 4.989605 4.315425
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 4.259181
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.420547
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.603104
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.716806
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.787392

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 19.512195 3.150506 3.347268
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 3.395569
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 3.426921
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 3.526917
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.618093
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.752221
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.895112

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 8.859476
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 8.740542
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 8.572771
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 8.533048
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.708648
2021-06-09 17:00:00 5.176584 5.176584 8.569588
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 8.427369

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.366300 2.153512
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.155491
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.205278
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.214245
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.145334
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.142202
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.089909

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 5.167598 5.167598 4.137834
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.946645
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.750582
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.599508
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.524878
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.385327
2021-06-08 17:00:00 1.804492 1.804492 3.230629

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.768049 1.238180
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.805802 1.356191
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.399582
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.419050
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.481490
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.584174
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.617848

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 1.560588 2.213449 2.207814
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.252485
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.316309
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.381853
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.403938
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.497158
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.590700

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.260983 2.950526
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 3.190884
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 3.462639
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 3.686386
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 3.735901
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.036220
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.146455

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.721088 2.721088 1.069093
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 1.061122
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 1.029112
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.990099 0.993881
2021-06-10 17:00:00 1.188119 0.693069 0.997688
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.995111
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 1.007613

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 4.390923
2021-06-13 17:00:00 18.604651 18.604651 4.619676
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.570048 4.656544
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.521926
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 4.632489
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 4.638243
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.478124

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.305344 2.253919
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 2.336261
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.438849
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.498275
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.641146
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 2.737655
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 2.889965

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 2.421117
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.453229
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.547070
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.650008
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.791356
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 2.904597
2021-06-08 17:00:00 2.252992 2.252992 3.041336

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 7.835112
2021-06-13 17:00:00 11.496063 21.102362 8.059231
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 8.048243
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 7.899048
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 8.050183
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.357310
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 8.406224

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.090278
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.126416
2021-06-12 17:00:00 0.806127 0.806127 1.149835
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.246194
2021-06-10 17:00:00 0.698273 0.698273 1.337292
2021-06-09 17:00:00 1.436893 1.436893 1.430083
2021-06-08 17:00:00 0.876644 0.876644 1.518804

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 5.668900
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.793662
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.705840
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.722635
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.750823
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.771213
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.787128

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.698954 2.583699
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.649370
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.669870
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.667032
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.705118
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.726002
2021-06-08 17:00:00 1.839738 3.066231 2.755173

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.040816 0.796020 3.248875
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.382956
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.621861
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 3.822352
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 3.785721
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 3.931622
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 3.932734

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.619433 2.770140
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.945208
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 3.069484
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 3.236599
2021-06-10 17:00:00 6.666667 6.666667 3.347479
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 3.576959
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 3.791104

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-14 17:00:00 2.865762 2.865762 5.633996
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.516059
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.529154
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.545287
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.513523
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.459542
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.441889

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.127660 0.512821 2.445889
Basilicata 1.162791 0.304414 7.809398
Calabria 2.163462 2.163462 4.153442
Campania 19.512195 3.150506 3.347268
Emilia-Romagna 17.838542 17.838542 8.859476
Friuli Venezia Giulia 1.049869 0.366300 2.153512
Lazio 5.167598 5.167598 4.137834
Liguria 0.768049 0.768049 1.238180
Lombardia 1.560588 2.213449 2.207814
Marche 1.094891 0.260983 2.950526
Molise 2.721088 2.721088 1.069093
P.A. Bolzano 0.000000 0.000000 4.390923
P.A. Trento 1.869159 0.305344 2.253919
Piemonte 3.063380 3.063380 2.421117
Puglia 2.718334 2.718334 7.835112
Sardegna 3.179487 3.179487 1.090278
Sicilia 5.747532 5.747532 5.668900
Toscana 4.057397 1.698954 2.583699
Umbria 2.040816 0.796020 3.248875
Valle d'Aosta 5.128205 1.619433 2.770140
Veneto 2.865762 2.865762 5.633996

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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